Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Imigrasi, salah satunya menjelaskan tentang perubahan Kantor Imigrasi Kelas III Baubau menjadi Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Baubau dan berubah lagi menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Baubau berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.HH-02.OT.01.03 Tahun 2022. Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Baubau terbentuk pada tanggal 12 Juli 2013 yang dulunya Kantor Imigrasi Kelas II Baubau yang berdasarkan Surat Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Nomor : M.HH-03.OT.01.01 Tahun 2013, dan Pada tanggal 18 Oktober 2013 Kepala Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM Sulawesi Tenggara Bapak Wahyudin Ukun, SH. Menandatangani Berita Acara Serah Terima Pinjam Pakai Tanah dan Bangunan Milik Pemerintah Kabupaten Buton Nomor W25.33.HM.05.02 Tahun 2013, yang terletak di jalan Moh. Husni Thamrin Nomor 32, Kelurahan Tomba, Kecamatan Wolio, Kota Baubau (gedung eks. Kantor Partai Golkar Kabupaten Buton), dengan luas Tanah 433 m2 dan Luas Gedung 223 m2 yang digunakan sebagai Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Baubau.
Pada tanggal 26 Maret 2014 Gedung Kantor Imigrasi Kelas III Baubau diresmikan Oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia berdasarkan surat keputusan Menteri Hukum dan HAM Nomor M.HH-03.OT.01.01 TAHUN 2013, dan Pada tanggal 18 Oktober 2013. Pada tanggal 23 Desember 2019, diadakan syukuran atas selesainya pembangunan gedung kantor imigrasi yang baru dengan luas tanah 4000 m2, luas gedung kantor 1609 m2dan luas halaman kantor 1.613,17 m2, luas wisma 521,62 m2, luas rumah dinas 256,21 m2 yang beralamat jalan raya Palagimata, kelurahan Sulaa, Kecamatan Betoambari, kota Baubau.
Berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.HH-02.OT.01.03 TAHUN 2022 Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Baubau resmi naik kelas Menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Baubau. Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Baubau mempunyai wilayah kerja meliputi: 1 Kota dan 7 Kabupaten, yaitu :
1. Kota Baubau;
2. Kabupaten Buton;
3. Kabupaten Buton Selatan;
4. Kabupaten Buton Tengah ;
5. Kabupaten Buton Utara;
6. Kabupaten Muna;
7. Kabupaten Muna Barat;
8. Sebagian Wilayah Kabupaten Bombana.
