Kantor Imigrasi Kelas III Baubau terbentuk pada tanggal 12 Juli 2013 yang berdasarkan Surat Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Nomor : M.HH-03.OT.01.01 Tahun 2013, dan Pada tanggal 18 Oktober 2013 Kepala Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM Sulawesi Tenggara Bapak Wahyudin Ukun, S.H. Mendandatangani Berita Acara Serah Terima Pinjam Pakai Tanah dan Bangunan Milik Pemerintah Kabupaten Buton Nomor W25.33.HM.05.02 Tahun 2013, yang terletak dijalan Muh. Husni Thamrin No 32. Kelurahan Tomba Kec. Wolio Kota Baubau. Pada tanggal 26 Maret 2014 Gedung Kantor Imigrasi Kelas III Baubau diresmikan Oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Bapak Amir Syamsuddin yang didampingi Bapak Walikota dan Wakil Walikota serta seluruh Muspida di Kota Baubau.

Pada tanggal 30 September 2019 diterbitkan Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor 23 Tahun 2019 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor 19 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Imigrasi. Dengan adanya peraturan tersebut, nomenklatur Kantor Imigrasi Kelas III Baubau berubah menjadi Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Baubau.

Seiring dengan perkembangan kebutuhan pelayanan yang semakin prima, Kantor Imigrasi Baubau membutuhkan Fasilitas Gedung Kantor yang lebih luas untuk dapat memfasilitasi hal tersebut.

Pada tanggal 23 Desember 2019, diadakan syukuran atas selesainya pembangunan gedung kantor imigrasi yang baru dengan luas tanah 4.000 m², luas gedung kantor 1609 m², luas wisma 521,62 m², luas rumah dinas 256,21 m² dan luas halaman kantor 1.613,17 m² yang beralamat di Jalan raya Palagimata, kelurahan Sulaa, Kecamatan Betoambari, kota Baubau.

Pada tanggal 24 Oktober 2022, dikeluarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.HH-02.OT.01.03 Tahun 2022 tentang Peningkatan Kelas Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Baubau.